Fernando Augusto Soares nasceu em Santos, em 28 de dezembro. Formou-se em medicina pela Faculdade de Ciências Médicas de Santos em 1980. Fez residência em anatomia patológica na Faculdade de Medicina de Botucatu. Fez mestrado (1988) e doutorado na Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (1990). Em 1991 mudou-se para Hamilton (ON), Canadá onde trabalhou como Professor Visitante da McMaster University junto com o Prof. William F Orr. Retornou ao Brasil em 1993 e foi indicado como Coordenador e Supervisor do Serviço de Patologia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Em 1994 exerceu o cargo de professor visitante na Universidade de Alberta, Canadá, onde especializou-se em hematopatologia trabalhando com o Dr. Sibrand Poppema. Neste mesmo ano, realizou estágio junto ao Fred Hutchinson Research Center em patologia do Transplante de Medula Óssea.
No final de 1996, mudou-se para São Paulo para trabalhar junto ao Departamento de Anatomia Patológica do Centro de Tratamento e Pesquisa Hospital do Câncer A C Camargo, tendo sido nomeado diretor do Departamento em 1997, cargo que ocupa até hoje. É vice-Diretor clínico do Hospital A C Camargo desde 2002 e coordenador de pesquisa do projeto CEPID a partir de 2004. Obteve o título de livre docência pela Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, em 2001.